Chapter 8 R-Markdown
R Markdown ist eine mächtige Möglichkeit, R Befehle bzw. deren Resultate direkt in ein Dokument einzubetten und damit automatisch Berichte incl. Berechnungen, Ergebnisse und Grafiken zu erzeugen. Eine R-Markdown-Datei setzt sich zusammen aus Markdown-Teilen und R-Chunks. Die R-Chunks kann man verstehen als kleine R-Programme oder Befehlsfolgen, die ausgeführt werden und deren Output in das erzeugte Gesamtdokument eingefügt werden. Den Rest des Dokuments können Sie mit R Markdown gestalten.
Markdown hat das Ziel, eine bereits als Quelltext gut lesbare reines Textdatei zu sein die in viele verschiedene Zieformate wie HTML, PDF usw. übersetzt werden kann. R Markdown erweitert dieses Prinzip und stellt die Integration von R zur Verfügung.
R-Markdown ist voll in RStudio integriert.
R-Markdown Dateien haben die Extension *.Rmd.
Ein guter Startpunkt für R-Markdown ist es, sich ein neues Markdown-File in RStudio zu erstellen.
File | New File | R Markdown ...
new-r-markdown
Lassen Sie die Datei rendern bzw. knitten:
knit
Verändern Sie die so generierte Beispieldatei und lassen Sie sie erneut knitten.
Versuchen Sie damit, die Idee hinter R-Markdown zu verstehen.
8.1 R-Markdown im Modul
R-Markdown ist das Standardformat in diesem Modul. Alle Materialien, Beispiele, Übungen, Erklärungen, Units etc. werden in R-Markdown verfasst. Üblicherweise steht für die Materialien auch deren Source-Code zur Verfügung, er wird meist aus den Materialien selbst heraus verlinkt.
8.2 Examples
Alle Materialien in diesem Modul sind R-Markdown Dateien und können als Beispiele dienen.
8.3 Exercises
8.3.1 Hello World
Erzeugen Sie eine neue R-Markdown Datei. Lassen Sie verschiedene Zielformate generieren. Spielen Sie mit den Möglichkeiten.
8.3.2 Elemente
Erzeugen Sie eine R-Markdown-Datei, in der die folgenden Elemente enthalten sind:
- Überschriften verschiedener Stufen
- mehrere R-Chunks
- eine von R generierte Abbildung
- ein Inline-Zugriff auf R, also außerhalb eines Chunks
- eine beliebige mathematische Formel
- eine Grafik
- ein Link auf eine beliebige Website
Knitten Sie diese Datei und kontrollieren Sie das Ergebnis.
8.3.3 Nachbau
Unter [https://md.psych.bio.uni-goettingen.de/mv/unit/rmd/reverse.html] finden Sie eine geknittete Seite, die als Basis eine R-Markdown Datei hatte. Generieren Sie eine R-Markdown Datei, die nach dem Knitten möglichst ähnlich ist.
8.4 Check
- Habe ich die Grundidee von R-Markdown verstanden?
- Was ist ein R-Chunk, woran erkenne ich ihn?
- Wie kann ich einen neuen R-Chunk in ein R-Markdown einfügen?
- Was sind Chunk-Options, wozu dienen sie?
- Wie kann ich auch außerhalb von R-Chunks, also in den Markdown-Teilen auf R zugreifen, z. B. auf Objekte im Environment?
- Kann ich Formeln in Markdown eingeben?