Chapter 7 RStudio

7.1 Was ist RStudio?

RStudio ist eine Entwicklungsumgebung für R, R-Skripte, R-Markdown und vieles mehr

Website: https://www.rstudio.com

7.2 Stichpunkte

  • eine besondere Umgebung (IDE) zur Benutzung von R mit vielfältigen Möglichkeiten
  • Zugriff auf alle wichtigen Informationen
  • R-Console ist integriert
  • Eingabe-Unterfenster (R-Skripte, Datentabellen, Tabs, später Rmd)
  • Environment Unterfenster (Speicher)
    • Variablen
    • Inspektion von Variablen (Viewer auf Dataframes)
    • Einlesen von Dateien
    • öffnen und speichern
    • History
    • global environment und packages
  • Teilfenster unten rechts (Hilfsbereich)
    • Dateibrowser
    • Grafikausgabe
    • Paketverwaltung
    • Help

7.2.1 ein paar besondere Tipps

  • inline Rendering ausschalten

  • set working directory

  • cheatsheets

  • Datenobjekte, Workspace, kein I/O für einzelne Datenobjekte, aber Einlesemöglichkeit

  • spezielle auf RMD abgestimmte Möglichkeiten (run chunk, run all chunks above, )

  • dateispezifische Markdown Options in Header bar

  • dateispezifische Knit Options

  • der sequenzielle Charakter von R bleibt unter der Haube erhalten

  • das ist besonders wichtig, wenn Code-Teile ausgeführt werden

  • Global Options bzw. Preferences (Mac-OSX)

    • Tab width, soft wrap: Options | Code | Editing
    • show whitespace characters, Rainbow parantheses: Options | Code | Display
    • disable inline output: uncheck: R Markdown | Basic | Show output inline for all R Markdown documents

7.2.2 Aufgaben

  • machen Sie sich mit R-Studio vertraut
  • stöbern Sie im Menu und in den Optionen
  • versuchen Sie zu verstehen, was Sie bei den Einstellungen verändern können
  • versuchen Sie sich Hilfe geben zu lassen, im Menu und im Help-Tab im Fenster rechts unten
  • experimentieren Sie mit Daten und Datenobjekten, deren Ansicht

7.2.3 check

  • bin ich hinreichend vertraut mit R-Studio (“herumspielen”)
  • weiß ich, wo ich die relevanten Informationen finde
  • habe ich zumindest einen groben Überblick über die Möglichkeiten, die es bietet?

7.2.4 Screencast(s)

RStudio Interface (kein eigenes Material): https://www.futurelearn.com/info/courses/linux-for-bioinformatics/0/steps/203099