Chapter 7 RStudio
7.1 Was ist RStudio?
RStudio ist eine Entwicklungsumgebung für R, R-Skripte, R-Markdown und vieles mehr
Website: https://www.rstudio.com
7.2 Stichpunkte
- eine besondere Umgebung (IDE) zur Benutzung von R mit vielfältigen Möglichkeiten
- Zugriff auf alle wichtigen Informationen
- R-Console ist integriert
- Eingabe-Unterfenster (R-Skripte, Datentabellen, Tabs, später Rmd)
- Environment Unterfenster (Speicher)
- Variablen
- Inspektion von Variablen (Viewer auf Dataframes)
- Einlesen von Dateien
- öffnen und speichern
- History
- global environment und packages
- Teilfenster unten rechts (Hilfsbereich)
- Dateibrowser
- Grafikausgabe
- Paketverwaltung
- Help
7.2.1 ein paar besondere Tipps
inline Rendering ausschalten
set working directory
cheatsheets
Datenobjekte, Workspace, kein I/O für einzelne Datenobjekte, aber Einlesemöglichkeit
spezielle auf RMD abgestimmte Möglichkeiten (run chunk, run all chunks above, )
dateispezifische Markdown Options in Header bar
dateispezifische Knit Options
der sequenzielle Charakter von R bleibt unter der Haube erhalten
das ist besonders wichtig, wenn Code-Teile ausgeführt werden
Global Options bzw. Preferences (Mac-OSX)
- Tab width, soft wrap: Options | Code | Editing
- show whitespace characters, Rainbow parantheses: Options | Code | Display
- disable inline output: uncheck: R Markdown | Basic | Show output inline for all R Markdown documents
7.2.2 Aufgaben
- machen Sie sich mit R-Studio vertraut
- stöbern Sie im Menu und in den Optionen
- versuchen Sie zu verstehen, was Sie bei den Einstellungen verändern können
- versuchen Sie sich Hilfe geben zu lassen, im Menu und im Help-Tab im Fenster rechts unten
- experimentieren Sie mit Daten und Datenobjekten, deren Ansicht
7.2.3 check
- bin ich hinreichend vertraut mit R-Studio (“herumspielen”)
- weiß ich, wo ich die relevanten Informationen finde
- habe ich zumindest einen groben Überblick über die Möglichkeiten, die es bietet?
7.2.4 Screencast(s)
RStudio Interface (kein eigenes Material): https://www.futurelearn.com/info/courses/linux-for-bioinformatics/0/steps/203099