Rmd

R Markdown

Ziel ist, alles, was für ein wiederholbares Vorgehen bei einer Datenauswertung und Berichterstellung notwendig ist, in einem einfachen Text-File zu haben, das auch schon ohne Rendering lesbar ist. Der für die Auswertung notwendige R-Code wird eingebettet und seine Ausgaben beim Rendering mit in das Zieldokument eingefügt. Dies gilt auch für Abbildungen. R-Markdown unterstützt verschiedene Zielformate wie HTML, PDF und Word.

R-Markdown ist eine etwas erweiterte Markdown Syntax. Insbesondere wird das Einbinden von R-Code ermöglicht. Das R-Paket KnitR ermöglicht das Verarbeiten von R-Markdown Dateien. Hierbei wird der eingebettet R-Code ausgeführt und das Ergebnis in die erzeugte Ausgabedatei mit eingefügt.

R-Markdown ist Bestandteil von R-Studio und R-Commander. Alle ausgeführten Befehle in R-Commander werden in ein automatisch im Hintergrund generiertes R-Markdown-File eingefügt. Dieses File steht in einem eigenen Tab zur Verfügung, kann editiert werden und somit kann man eine fortlaufende Auswertung direkt mit dokumentieren. Die eingebetteten Code-Chunks können einzeln ausgeführt werden, um den Code zu testen.

Im RStudio-Menu unter File | new File | R-Markdown... kann man sich ein Mini-Beispiel erzeugen, das viele der Möglichkeiten zeigt.

Formate

Über Header lassen sich andere Formate, wie PDF, Word etc generieren. Ebenfalls können Parameter gesetzt werden. Dabei kann z. B. für PDF auch ein Inhaltsverzeichnis automatisch generiert werden.

mehr HTML PDF Word

PDF

---
title: "Sample Document"
output:
  pdf_document:
    toc: true
    highlight: zenburn
---

Word

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title: "Habits"
author: John Doe
date: March 22, 2005
output: word_document
---

Hilfe

… findet sich innerhalb von R-Studio im Help-Menu

Formeln

Es können auch Formeln in R-Markdown Dokumente integriert werden. Hierbei wird (u.a.) die Latex-Syntax für Formeln unterstützt. Formeln können inline auftauchen, wie diese Quadratsumme $ _{i=1}^n {(x_i - {x})^2$, oder \(f(x) = \sum_{k=1}^{K}\alpha_{k}\)

Auch explizite Formeln im eigenen Absatz sind möglich (hier: Pearson Korrelation):

\[ r_{xy} = \frac{\sum_{i=1}^n {(x_i - \bar{x})(y_i - \bar{y})}}{\sqrt{\sum_{i=1}^n {(x_i - \bar{x})^2 \sum_{i=1}^n(y_i - \bar{y})^2}}} \]

R-Markdown und Literaturverwaltung

  • Automatische Literaturverwaltung
  • BibTex Datei mit allen Literaturangaben
  • Citations im Text

In RStudios RMarkdown Dateien kann auch eine komplette Literaturverwaltung mit integriert werden. Die eigentliche Literatursammlung kann in verschiedenen Formaten vorliegen. Im Yaml-Header wird auf sie verwiesen.

Intro Beispiel-Bibliographie

rmd_bib csl Word-Template Bibliographie sample.bib

Alternativ mit veränderten Zotero Tags im bib-File:

rmd_bib_zotero csl Word-Template Bibliographie gemi_profs_zotero_exported.bib

Ein Beispiel benutzt Christian Treffenstädts Word-Template, das APA-konforme Zitation und Literaturverzeichnis macht. Um es nachvollziehen zu können, müssen die folgenden Dateien unter Zugriff sein, auf die im Yaml-Header referiert wird:

csl Word-Template Bibliographie sample.bib

rmd_bib_zotero csl Word-Template Bibliographie gemi_profs_zotero_exported.bib